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1958 · 桑格與胰島素的序列——中心法則的第一塊磚#

1958 諾貝爾化學獎:弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger,1918–2013,英國)——表彰「其對蛋白質胺基酸序列之研究,尤其是胰島素序列的測定」。他證明了蛋白質有唯一的、確定的序列,並因此開啟了分子生物學的中心法則。

懸案(案情提要)#

1950 年代中期,一樁被所有人認為「不可能」的任務擺在桌上:

把一個蛋白質的胺基酸「順序」讀出來。

為什麼說不可能?因為蛋白質有幾百個胺基酸殘基:

  • 化學家能知道總共有哪些胺基酸、比例為何(這靠水解與層析,見 1952-馬丁與層析法);
  • 但「比例」不含順序資訊。同一組胺基酸,可以排列成天文數字般的不同序列;
  • 而每一步的降解都損失產量、引入誤差的機會隨步數累積——讀 100 個殘基,就要有 100 次分離與鑑定。

更根本的問題是科學哲學層面的:蛋白質究竟是不是「一條有固定順序的鏈」?1930–40 年代,膠體學派與化學派仍爭論不休(見 1953-施陶丁格與高分子)。若蛋白質是「巨分子」,則它的序列問題才有意義。

偵辦人:弗雷德里克·桑格。他選了最小的、胰島素——一個只有 51 個殘基的胜肽激素(兩個多肽鏈,21 與 30 個胺基酸,由二硫鍵相連)——作為突破口。

前因#

年份 事件
1918 桑格生於英國倫敦(父親是醫生)。
1939–1943 於劍橋,完成生物化學訓練;受阿爾弗雷德·米爾斯(Alfred Mills)與諾曼·霍里(Norman Hawry)的指導(霍里即 1937 年諾貝爾得主,見 1937-霍沃思與維生素C)。
1944–1946 戰時在倫敦醫學研究委員會從事有機化學研究;1946 年(26 歲)獲博士學位。
1948–1952 研究二硫鍵的化學(發現 \(\beta\)-苯甲醯基氯可裂解二硫鍵,且不破壞胜肽鏈)——這是「能切開蛋白質而留下可分析的片段」的關鍵技術。
1949–1955 研究自由基(\(\mathrm{H}\) 原子、羥基自由基)對胺基酸的氧化降解;發展DNFB 端基分析(桑格試劑,與 Edman 法是當時並行的兩套 N 端鑑定法)。
1952–1955 完成胰島素的二硫鍵橋與鏈分開(用 performic 酸氧化或苯甲醯基氯裂解),並定出 A 鏈與 B 鏈的胺基酸組成。
1955 發表胰島素 A 鏈的完整序列(史上第一條蛋白質序列)。
1958 獲諾貝爾化學獎;同年完成 B 鏈序列,胰島素全序列(51 個殘基)完成。
1961 與其團隊定出核糖核酸酶的序列(第一個有已知序列的酵素,見 1972-安芬森與核糖核酸酶)。
1977 發展DNA 定序法(桑格定序,以雙去氧核苷酸終止法為核心);1980 年再獲諾貝爾化學獎(與伯格、吉爾伯特共享,見 1980-伯格與重組DNA)。
2013 逝於劍橋;劍橋的分子生物學實驗室(LMB)所在的「桑格大樓」以他命名。

調查#

偵查一:N 端鑑定——先找到「鏈的頭」。

桑格與同事(與他的博士生塔洛克(James Tuppy)合作)發明 DNFB 法(Sanger's reagent,1-氟-2,4-二硝基苯):

\[\mathrm{H_2N{-}(N\text{-端殘基}){-}}\mathrm{蛋白質} + \mathrm{F_2N{-}C_6H_3{-}NO_2} \xrightarrow{\text{鹼}} \mathrm{F_2N{-}C_6H_3{-}NO_2{-}NH{-}(N\text{-端})\]

之後用酸水解,只有 N 端的胺基酸被標記(因為只有它的胺基是游離的):

\[\text{酸水解} \xrightarrow{} \text{DNP-衍生的胺基酸(單一)} + \text{其餘胺基酸(游離)}\]

如此就能一次讀出一個殘基——這是「逐位讀序」的第一步。

偵查二:Edman 降解——桑格的方法與另一條路。

Edman 法(1952–53,由 Edman 提出,桑格將其發揚為可操作的序列策略)以苯異硫氰酸酯(PITC)與 N 端胺基酸反應,再以酸環化切下整個 PTH-胺基酸(一個完整的胺基酸被逐次切除而不破壞其餘的鏈):

\[\mathrm{蛋白質{-}NH_2} \xrightarrow{\mathrm{PITC}} \mathrm{PTC\text{-}蛋白質} \xrightarrow{\text{酸}} \underbrace{\mathrm{PTH{-}胺基酸}_1}_{\text{被鑑定並移除}} + \underbrace{\mathrm{蛋白質}'_{-1}}_{\text{剩餘鏈}}\]

重複此循環,即可逐一讀出序列——這是「蛋白質有序列」最直接的證明。

偵查三:分段與重疊——把「讀不動」變成「讀得動」。

一條 30 個殘基的鏈無法靠一次降解讀完(產量會耗盡)。桑格的策略是分段 + 重疊:

  1. 用幾種不同的專一性裂解方式切出不同的片段(例如用胰蛋白酶切在 Arg/Lys 後、用胰凝乳蛋白酶切在 Phe/Tyr 後、用胰蛋白酶 + 化學裂解等);
  2. 每組片段以層析分離並定序(見 1952-馬丁與層析法);
  3. 比較不同酶切所得的片段,找出重疊區段,用「重疊法(overlap method)」拼出全序列。
\[\text{片段 A:} \; 1\!-\!8 \quad \text{片段 B:} \; 5\!-\!14 \quad \text{片段 C:} \; 12\!-\!20 \;\Longrightarrow\; \text{拼合得到 } 1\!-\!20\]

重疊片段的序列必須自洽——這提供了強烈的內部檢驗,任何錯誤都會在重疊處露餡。

偵查四:胰島素的特例——把二硫鍵橋解決掉。

胰島素的難題在於:它是由兩條鏈(A 鏈 21 殘基、B 鏈 30 殘基)以兩個二硫鍵相連組成的。序列測定前必須先決定:

  • 哪個半胱胺酸與哪個配對;
  • 兩條鏈的 N 端各是什麼。

桑格用過甲酸氧化(把二硫鍵氧化成磺酸,鏈間即分離)與苯甲醯基氯裂解(選擇性切斷其中一對二硫鍵)來解決,得到 A 鏈與 B 鏈各自的序列,並確定配對方式:

\[\text{胰島素:} \; \underbrace{\text{A 鏈(21 殘基)}}_{\text{GIVEQCCTSICSLYQLENYCN}} - \underbrace{\text{B 鏈(30 殘基)}}_{\text{FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT}} \quad (\text{兩個 } \mathrm{S{-}S} \text{ 橋})\]

「胰島素有唯一的序列」——這是本案的核心裁決。

偵查五:Edman 的挑戰與裁決。

桑格的方法面臨一個尖銳的批評(Edman 本人提出,並在 1960–70 年代引發長期的「定序論戰」):Edman 降解每循環一次,肽鏈就縮短一個殘基,並非每一步都 100% 成功——所以讀 30 個殘基,就必須能辨認幾十個微量的 PTH-胺基酸,是否可靠?

桑格與其團隊(後來由布勞克斯托克(Broadstock)等人在 1960 年代以自動化的 Edman 降解器解決)用內部標準與統計方法建立了可信度:

\[\text{單次循環的鑑定正確率} \;\approx\; 99\% \quad \Longrightarrow\quad \text{30 循環後全序列正確率} \approx 0.99^{30} \approx 74\% \ (\text{需人工覆核與重複})\]

這場論戰最終以「自動化 Edman + 質譜鑑定(PITC-衍生物以質譜確認)」收束——方法的可疑性被統計與自動化共同化解,也是科學方法論的一個好教材。

理論裁決#

判決一:蛋白質有唯一確定的序列。 桑格的核心裁決:

\[\text{蛋白質} = \text{固定長度、固定組成的胺基酸序列} \quad (\text{一級結構})\]

這是中心法則的第一塊磚:序列 → 摺疊 → 功能 → 傳遞。若蛋白質是無序的膠體(膠體派的看法),則「序列決定功能」根本無從談起。1958 年的諾貝爾獎,實質上是一場關於「生命分子是否可被化學描述」的裁決,而答案是可以,而且精確到可以寫成一行字串。

判決二:重疊法的邏輯——唯一性由自洽性保證。 重疊法之所以可靠,在於它要求多條獨立的片段序列必須互相吻合:

\[\text{片段} A(1\!-\!8), B(5\!-\!14), C(12\!-\!20) \;\Longrightarrow\; A \cap B = (5\!-\!8), \ B \cap C = (12\!-\!14)\]

若任一讀序有誤,重疊區的吻合即破壞。這是一種「用交叉驗證建立可信度」的典範設計,其邏輯與 DNA 定序中的「重疊群(overlapping reads)」完全相同——DNA 定序(1977)正是把桑格的重疊法搬到核酸上。

判決三:序列分析的定量經濟學。 桑格的工作也建立了序列分析的「物料帳」概念:讀一條 \(n\) 殘基的鏈,需要的蛋白質量與時間隨 \(n\) 增長,因此早期只有胰島素(51 殘基)可行;自動化(Edman 降解器、蛋白質序列儀)與更靈敏的鑑定法(質譜)把可行長度推到數百、數千殘基。

\[\text{可讀長度} \;=\; f(\text{每循環產量}, \text{單次鑑定正確率}, \text{起始樣品量})\]

判決四:一級結構是「可攜的資訊」。 序列一旦寫下,就成了可攜、可比較、可搜尋的資訊——這是生物資訊學的起點:1970 年代的人類胰島素基因序列被讀出並於 1978 年在大腸桿菌中表現(人類胰島素成為第一個由細菌生產的藥品)。

後果#

領域 影響
分子生物學 「序列決定一切」的信念,是中心法則(1958)、遺傳密碼(1960–70 年代)、蛋白質生物合成機制(見 1962-佩魯茨與血紅蛋白 與 1972-安芬森與核糖核酸酶)的共同前提。
蛋白質化學 序列測定成為蛋白質結構與功能研究的標準前置;催產素與加壓素的序列(1955)開啟了「結構—活性」的比較研究。
生物技術 1977 年桑格定序法與 1980 年的重組 DNA(伯格)、DNA 測序(吉爾伯特)構成基因工程的技術三支柱;人類胰島素的基因工程化生產(1978)改變了糖尿病治療。
生物資訊 序列作為資訊的觀念,是 1970–90 年代序列資料庫與比較生物學的源頭。
科學制度 桑格是唯一兩度獲化學獎者之一(1958、1980),且是少數「連續兩次在同一領域得獎」的例子;劍橋分子生物學實驗室(LMB,1962 年成立)在他的領導下成為世界重鎮。

關聯#