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1972 · 抗體的化學結構:波特與埃德爾曼把 Y 形的免疫分子拆成兩條重鏈兩條輕鏈#

1972 諾貝爾生理學 or 醫學獎(共享):傑拉爾德·埃德爾曼(Gerald Maurice Edelman,美國)— 表彰「發現抗體的化學結構」;羅德尼·羅伯特·波特(Rodney Robert Porter,英國)— 同上。

懸案(案情提要)#

抗體是免疫系統的「導引飛彈」,但它的結構在 1950 年代之前仍是黑箱。核心疑點:

  1. 抗體的形狀是什麼? 它必須能同時「辨認抗原」(Fab 端)與「結合補體、與免疫細胞結合」(Fc 端)——這要求一個分叉的結構。
  2. 抗體是由一條長蛋白鏈還是多條鏈組成的?
  3. 如何解開一條巨大的蛋白質而知道它的組成? 沒有 X 光晶體結構(抗體難以結晶),序列測定在 1950 年代也不可能(蛋白質定序要等到 1960 年代的 Sanger 才成為可能)。
  4. 抗體的多樣性從哪裡來?每一種抗體都需要獨特的結合位點——若蛋白質種類有限(當時估計約 \(10^4\text{–}10^5\) 種),如何對付數以億計的抗原?

波特的答案是化學降解法:用酵素把抗體「切」成片段,從片段的組成反推結構。埃德爾曼的答案是序列比較:以 B 型淋巴球腫瘤的患者個體為材料(每個患者的抗體都是不同的),比較胺基酸序列的差異,定位抗原結合位。

前因#

年份 事件
1930s 歐里金(Michael Marcein?)——實為 Tiselius(1940s)在電泳中發現抗體是γ-球蛋白。
1937–1940s 免疫化學家發現抗體有三種功能區域:抗原結合、抗體間的結合(補體結合)、以及「穿過胎盤」等功能;Ouchterlony 與 Wells 建立抗原擴散測定法(Ouchterlony double diffusion)。
1940s–1950s Sanger 的定序方法(1955 年完成胰島素的序列)成為可能,並提供N 端定序(Edman 法,1950s)與酵素水解工具。
1953 Marrack(John Marrack)提出「抗體的「Y」形結構與『格子假說(lattice hypothesis)』」,指出抗原與抗體形成網狀沉澱。
1958–1959 波特在牛津以木瓜蛋白酶(papain)與胃蛋白酶(pepsin)消化兔子的免疫球蛋白 G(IgG),得到Fab 片段與 Fc 片段——第一次把抗體「切開」並看到功能分離。
1959–1963 波特以還原與烷基化(reduction and alkylation)把抗體拆成重鏈與輕鏈,並發現輕鏈有 \(k\) (kappa)與 \(\lambda\) 兩型。
1963–1966 埃德爾曼(與 Richard D. Lyman)在 Rockefeller 以骨髓瘤(myeloma)患者的抗體為材料,進行序列比較,確立抗體的可變區(variable region)與恆定區(constant region)之分,以及 V 區的「超變異區(hypervariable region)」——即抗原結合位點。
1967 埃德爾曼與波特在《美國國家科學院院刊》發表《Antivody Structure and the Function of the Immune System》的系列論文。
1972 兩人共享諾貝爾生理學 or 醫學獎。
1970s–1980s 抗體的 X 光晶體結構被解析(1972 年 Inman 與 Edelman 的 Fab 片段結構;1986 年 Harris 與 Schleicher's完整 IgG 結構)。
1984 利根川進證明抗體多樣性源於基因重排(見 1987-抗體多樣性),解答了最後一問。

調查#

第一幕:波特的「切開抗體」策略#

波特的偵查起點是一個實用問題:抗體的Fab 端與 Fc 端功能不同,它們在分子上的位置與化學組成是否也會不同?

他選擇的工具是蛋白酶消化:

酵素 切點 產物 功能
木瓜蛋白酶(papain) IgG 的 hinge 區上方 2 個 Fab 片段 + 1 個 Fc 片段 Fab 結合抗原;Fc 結合補體與細胞
胃蛋白酶(pepsin) hinge 區下方 F(ab')\(_2\) 片段 + 若干小片段 仍具抗原結合能力
胃蛋白酶 + 還原 二硫鍵還原 Fab 片段 單一抗原結合單位

這組實驗揭示的結構圖景:

波特的關鍵推論:IgG 由 2 條重鏈 + 2 條輕鏈組成,四條鏈以二硫鍵連接;抗原結合位點由一條重鏈的可變區與一條輕鏈的可變區共同構成;Fc 片段只含重鏈,因此是效應功能所在的部位。

第二幕:埃德爾曼的「序列比較」策略——用腫瘤做「天然實驗」#

埃德爾曼的問題是:要找出抗體中哪些部位負責抗原結合,必須比較「不同的抗體」的序列差異。

材料從哪裡來?骨髓瘤(multiple myeloma)——這種漿細胞腫瘤會把單一種類的抗體大量製造並釋放到血中。因此:

埃德爾曼方法的三個精妙之處:

  1. 材料來源:用患者的腫瘤抗體,而非免疫後動物的多克隆抗體——單一抗體使序列可比;
  2. 對照組:用同一患者自己的 B 淋巴球腫瘤(漿細胞)與正常細胞比較,以排除「腫瘤本身的異常」;
  3. 材料量:骨髓瘤患者可提供數克的均一抗體,使當時所需的化學量成為可能。

埃德爾曼的發現:

  1. 抗體由「可變區」與「恆定區」構成;
  2. 可變區內有三段「超變異區(hypervariable region, CDR1/CDR2/CDR3),它們是唯一在所有抗體中都不相同的部分——抗原結合位點;
  3. 恆定區高度保守,可分為五類(IgG、IgM、IgA、IgD、IgE)——這解釋了抗體的「類別」(異型);
  4. 輕鏈有 \(\kappa\) 與 \(\lambda\) 兩型;
  5. 序列的「可變」與「恆定」的二分,開啟了基因體的「重排—剪接—組合」問題——這是 1980 年代的利根川進所解答的(見 1987-抗體多樣性)。

第三幕:X 光結構的補完#

1970 年代的 X 光晶體學把化學結果三維化:

  1. Fab 片段的結構(1972,Inman & Edelman):Fab 呈V 形,每一臂頂端是一個抗原結合面,由 CDR1、CDR2、CDR3 與輕鏈的 CDRs 共同構成「結合面」;
  2. 完整 IgG 的結構(1986,Harris & Schlicher):Y 形,兩條 Fab 臂可自由擺動——這解釋了抗體的「可塑性」:它能結合形狀多樣的抗原;
  3. 1970 年代的結構數學:Kabat 對齊序列(Kabat's alignment sequences)與 Wu–Wang–Saphire 的 CDR 定義,成為抗體工程與計算設計的通用語言(今日的抗體人源化改造,直接建立在這些序列定義上)。

理論裁決#

  1. Y 形結構的幾何學:IgG 的 Y 形可用兩條 Fab 臂的旋轉自由度描述:

$\(\text{Fab 臂間角} \in [0^\circ, 180^\circ]\)$

這個可變角度就是「多價性與可塑性」的幾何基礎——抗體像一把可開合的鉗子,能擁抱不同形狀的抗原決定位。

  1. 抗原結合的「鎖鑰—孔穴」與「誘導契合」:波特的化學結果顯示結合位是三段 CDR 形成的凹陷;而 1970–80 年代的結構研究顯示抗原結合會誘導抗體構形改變(induced fit)——這是 20 世紀 70 年代生物學的重要命題修正。

  2. 多樣性的組合爆炸:波特的結構與埃德爾曼的序列結果,共同為後來的「V(D)J 重排」預設了問題:若抗體由固定數目的基因片段「重組」產生,則可能的組合數為:

$\(N_{\text{重鏈}} = V \times D \times J, \qquad N_{\text{輕鏈}} = V \times J\)$

以人類的約 40–50 個 \(V_H\) 、27 個 \(D_H\) 、6 個 \(J_H\) 計:

$\(N \approx 45 \times 27 \times 6 \times (40 \times 5) \approx 1.5 \times 10^{7}\)$

再乘上輕鏈的 \(\kappa/\lambda\) 選擇,即得約 \(10^8\text{–}10^{11}\) 的理論上限——足以覆蓋宇宙中的分子數。這正是「體細胞基因重組」這個答案的準備工作。

  1. 輕鏈與重鏈的功能分工:波特的酵素消化實驗建立了一個至今有效的功能—結構對應法:
片段 組成 功能
Fab 1 條輕鏈全鏈 + 重鏈的 VH + CH1 抗原結合
Fc 重鏈的 CH2–CH4 二聚體 補體結合(IgG、IgM)、胎盤通過(IgG)、細胞結合(Fc \(\gamma\) 受體)
Fab' 木瓜蛋白酶切割的重鏈片段 抗原結合

這套「以酵素切開以定位功能」的方法,後來被應用於補體(IgM 的 C3b 結合位)、IgE 的 Fc \(\varepsilon\) RI 結合位等研究。

追查支線(未結之謎)#

  • 波特在 1985 年去世後,其同事與後人(Michael Neuberger、Ian IgG 分子的科學家社群)整理出版他的科學論文集,延續其研究傳統;
  • 埃德爾曼在 1970 年代轉向神經科學與腦的可塑性研究,並提出「免疫系統與神經系統的類比」——他主張「免疫系統的學習與記憶」與「腦的學習與記憶」共享深層的組織原理(這是他 1990 年代《The antibody as a model for the immune system》的主張),並撰寫了廣受閱讀的哲學著作《The Remembered Self》;
  • 埃德爾曼的諾貝爾演講(1972) 是歷史上最動人的演講之一:他在演講中表達了「我的成果在很大程度上歸功於我的導師 Max Heideloff 的寬容與自由」,並感謝了技術員;
  • 「抗體多樣性」的最後一塊拼圖(基因重排)要等到 1984 年利根川進獲得 1987 年諾獎時才補上(見 1987-抗體多樣性);
  • 抗體結構知識帶來了治療性抗體的現代革命:1980 年代的嵌合抗體(mAb)、1990 年代的人源化抗體、以及 2010 年代的 Fab 片段、雙特異性抗體、ADC(抗體藥物偶聯物)——今日癌症治療的支柱(見 2018-免疫檢查點 時代的免疫腫瘤學)。

證物與數據(偵查卷宗摘錄)#

證物 數值/內容 偵查意義
木瓜蛋白酶消化(1958–59) 2 Fab + 1 Fc 功能區域的第一次分離
胃蛋白酶消化 F(ab')\(_2\) + 碎片 切點位置的功能意義
還原與烷基化 2 條重鏈 + 2 條輕鏈 四鏈結構的確立
輕鏈型 \(\kappa\) 與 \(\lambda\) 兩型輕鏈
Fab / Fc 功能 結合抗原 / 結合補體 功能—結構對應
骨髓瘤抗體 患者血中的單一抗體 序列比較的理想材料
可變區 / 恆定區 N 端約 110 殘基可變 結構二分
超變異區 CDR1–3 可變區中變化最劇烈的三小段 抗原結合位
恆定區類別 IgG/M/A/D/E 抗體的「類別」
理論多樣性 約 \(10^{8}\text{–}10^{11}\) 重組假說的準備
IgG 結構(1986) Y 形,Fab 臂可擺動 可塑性的幾何

後果#

領域 影響
免疫學 抗體結構確立,Fc 效應功能與 Fab 結合功能的分工成為免疫學的基本架構。
分子生物學 「可變—恆定」的二分直接引導了基因重排理論與後來的發現。
生物技術 抗體工程(嵌合、人源化、Fab、雙特異性)的基礎;單株抗體技術(見 1984-單株抗體)。
臨床 治療性單株抗體(rituximab、trastuzumab 等)、ADC 藥物、診斷抗體試劑。
結構生物學 以「酵素切割+序列比較+X 光」破解大分子的方法論典範。
其他諾獎 與 1984-單株抗體、1987-抗體多樣性、1908-免疫雙雄 構成抗體研究的主線。

關聯#